Un giovane ragazzo di nome Link, cresciuto nella Foresta dei Kokiri, viene mandato su ordine del Grande Albero Deku nel Castello di Hyrule per incontrare la Principessa Zelda.

La Principessa gli rivela un sogno profetico, secondo il quale Link sarebbe diventato il salvatore del mondo di Hyrule da una malefica entità. 

Gli viene quindi affidato il compito di trovare tre Pietre Spirituali, ma una volta tornato al Castello il giovane assiste ad una scena terribile: la Principessa viene catturata infatti dal terribile Ganondorf, il Re dei ladri Gerudo, ma riesce a lanciargli un oggetto dei poteri tanto misteriosi quanto formidabili: la leggendaria Ocarina del Tempo.

The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D è un sapiente mix di esplorazione, combattimenti ricchi di tattica, abilità e logica, ed enigmi molto stuzzicanti per il giocatore.

Le attività del giocatore si dividono principalmente in due ambienti: l’immenso regno di Hyrule, maestoso ed esplorabile anche a cavallo, e i dungeon, veri e propri mondi a sé stanti ricci d'azione ed enigmi.

Come da tradizione della serie, i dungeon si concludono con un avvincente scontro con un temibile boss.

Progredendo nell’avventura, Link riceve poi nuovi oggetti ed equipaggiamenti che gli permettono di acquisire nuove abilità e raggiungere aree altrimenti non raggiungibili.

Il titolo non è un semplice remake della versione per Nintendo 64. The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D offre svariate novità, molte delle quali saranno apprezzate non solo dai fan, ma anche dai giocatori occasionali.